Фильм основан на серии комиксов "The Age of Apocalypse", где из-за вмешательства во временную линию погиб Профессор Икс, пытаясь спасти Магнето от убийцы из будущего. Это дало возможность Апокалипсису истребить человечество в пользу мутантов. В итоге, в постапокалиптической Америке Эрик Леншер собирает и возглавляет свою команду Людей Икс.

С самого рассвета цивилизации ему поклонялись как богу. Апокалипсис, первый и самый могущественный мутант из вселенной Людей Икс, собирает силы других мутантов, становясь бессмертным и неуязвимым. Пробудившись от тысячелетнего сна, он разочаровался в нынешнем мире. Для того, чтобы очистить человечество от греха, в котором оно погрязло, он собирает команду, включая Магнето, чтобы обрадовать новый мировой порядок. Рэйвен, при поддержке Профессора Икс, возглавит команду юных Людей Икс для борьбы с их величайшей немезидой и спасения человечества.