Игра основана на мультсериале 2003 года.

Черепашки возвращаются домой и обнаруживают, что Сплинтер похищен. Они отправляются на поиски преступника.

Геймплей состоит из выбора одного из четырех черепашек и прокрутки слева направо, прыжков по платформам и побед над врагами, а также сбора ключей для открытия ворот. Открыв ворота, игрок попадает в комнату, где его поджидает босс.

Если энергия черепахи исчерпана или она упала в пропасть, черепаха считается "захваченной", и нужно выбрать другую. Игра заканчивается, если все четыре черепахи захвачены. Собирая значки в виде головы черепахи, захваченную черепаху можно вернуть в игру или "спасти".