Игра основана на мультсериале 2003 года.
Черепашки возвращаются домой и обнаруживают, что Сплинтер похищен. Они отправляются на поиски преступника.
Геймплей состоит из выбора одного из четырех черепашек и прокрутки слева направо, прыжков по платформам и побед над врагами, а также сбора ключей для открытия ворот. Открыв ворота, игрок попадает в комнату, где его поджидает босс.
Если энергия черепахи исчерпана или она упала в пропасть, черепаха считается "захваченной", и нужно выбрать другую. Игра заканчивается, если все четыре черепахи...