Игроки управляют агентами Щ'И'Т'а, которых могут тренировать, зарабатывая очки опыта и оснащая агентов новым оружием и экиперовкой. Персонажи также могут объединяться еще с двумя из 35 доступных героев Marvel, каждый их которых обладает уникальными силами и способностями. Первоначально доступны всего несколько героев. Чтобы разблоикровать других персонажей необходимо зарабатывать "Очки Командования" - игровую валюту.

Геймплей представляет собой пошаговые бои. В игре пять классов персонажей, каждый со своими преимуществами и слабостями перед другими классами. Кроме того, есть шестой нейтральный класс Универсал, который является классом игрока по умолчанию и не имеет преимуществ или слабостей против других.

Игра входит в состав Marvel XP - единого игрового центра Marvel: Avengers Alliance. Он содержит новости об играх, игровую статистику, биографии и награды. Истории игр, входящих в систему Marvel XP, переплетаются между собой.

В настоящее время в Marvel XP входят две игры - Marvel: Avengers Alliance и Avengers Initiative.

Marvel XP также планируется внедрять в последующие игры на Facebook.