Действие этого сериала разворачивается в детстве Черепашек-Ниндзя и рассказывает об их первых приключениях в качестве начинающих ниндзя. К ним присоединится их подруга Эйприл О’Нил, и они встретятся с такими врагами, как Бибоп, Рокстеди и Карай.