Черепахи вступают в противостояние с ученым доктором Бакстером Стокманом и вернувшимся врагом, Шредером, который нанял Стокмана, чтобы создать мутантов Бибопа и Рокстеди. В ходе этого конфликта Черепахи находят мутаген и надеются, что он поможет им вернуть человеческий облик. Вскоре Нью-Йорк атакуют пришельцы из Измерения Икс во главе с Крэнгом. После вторжения Черепахи объединяются против захватчиком с их Мастером Сплинтером, земными друзьями Эйприл О'Нил, Верном Фенвиком и новым другом, линчевателем Кейси Джонсом.