НЬЮ-ЙОРК. Черепахи-Ниндзя вступают в главный бой всей их жизни, сражаясь как с грозным Кланом Ноги и его лидером Шредером, так и с инопланетными силами генерала Крэнга... чего в точности и добивался Крэнг. Теперь один межпространственный взрыв может избавить его от обоих величайших соперников сразу.

ГОТЭМ-СИТИ. От Пингвина, Убийца Крока до Ра Аль-Гула и далее - у крылатого борца с преступностью Бэтмена уже заняты руки, защищающие его город. Внезапно появляется новый враг - Шредер и его последователи ниндзя. Теперь они охотятся за технологией, которая поможет им вернуться домой... и победить Готэм с помощью самых смертоносных врагов Бэтмена.

Но Темный Рыцарь не сражается в одиночку. На помощь Бэтмену приходят Леонардо, Донателло, Микеланджело, Рафаэль и Мастер Сплинтер. Но смогут ли Летучая мышь, Крыса и Черепахи уничтожить самых злобных злодеев из двух измерений?