Внеземная раса, известная как Фаланга, возвращается и стремится взять под свой контроль всю Землю, поработив ее жителей. Они также захватили и клонировали несколько мутантов для экспериментирования. Только избранная группа Людей Икс (Зверь, Псайлок, Гамбит, Ночной Змей, Росомаха, Циклоп) избежала захвата и временно объединялась с их самым старым противником, Магнето, они должны победить Фалангу прежде, чем все человечество будет порабощено. По пути герои будут путешествовать через знакомые пейзажи, включая Дикую Землю и Авалон, и бороться против влиятельных противников, таких как Апокалипсис, Стражи, Исход, Падальщик и многих других.