Шреддер получит контроль над Нью-Йорком через 48 часов. Черепашки-ниндзя должны остановить его и в то же время предотвратить другие более мелкие преступлениями, происходящие в Нью-Йорке. Неудивительно, что каждое из этих преступлений приводит к Шреддеру.

Помимо стандартного скроллера каждая черепаха использует разное оружие. У каждой черепахи есть характеристики (сила, скорость, энергия), которые увеличиваются по мере того, как они сражаются. Более того, когда они достигают определенного уровня, персонажи получают дополнительные атаки!

На прохождение игры у игрока есть 48 часов. Это 48 реальных часов, но вы потратите многие из них на отдых для черепах, чтобы восстановить их здоровье (с помощью команды «отдых X часов») между миссиями. Однако также возможнл сохранить игру для более поздней перезагрузки.

Есть 16 уровней для исследования, они часто отличается от простой ходьбы слева направо: вам придется входить в дверные проемы, окна и канализационные туннели, подниматься по лестницам и даже находить случайные предметы, необходимые для прохождения.