Действие игры происходит, когда Леонардо, Донателло и Рафаэль ждут, когда Микеланджело вернется с пиццей, за которой они его отправили. Эйприл О'Нил появляется на экране с экстренным выпуском новостей и внезапно кричит. Три черепахи отправляются спасать ее. Микеланджело возвращается вскоре после их ухода и оглядывается в поисках их, только чтобы услышать зловещий голос из телевизора: «Микеланджело, если хочешь освободить своих братьев, приходи к заброшенной шахте». Микеланджело соглашается, и игра начинается.