Как и в Fall of the Foot Clan, предыдущей игре серии Game Boy, игрок может переключаться между черепахами перед каждым уровнем. У каждой черепахи есть свои сильные и слабые стороны. У Донателло большая дальность атаки, но атака медленная, атака Рафаэля быстрая, но очень короткая, а Леонардо и Микеланджело хорошо сбалансированы. Когда черепаха побеждена, она становится захваченной врагом. Когда все черепахи пойманы, игра окончена. После прохождения уровня игроку предоставляется возможность спасти пойманную черепаху. Если черепах не было поймано, вместо этого игрок переходит на бонусный уровень.

Помимо типичных бит-эм-апов в игре есть несколько новыйх элементов геймплея, таких как уклонение от огромных валунов на подземных уровнях, катание на скейтбордах или подъем на лифте. Боссы в игре - стандартные злодеи, как и в Fall of the Foot Clan, Кранг выступает в роли финального босса. В игре есть несколько настроек сложности, которые, в зависимости от уровня, вызывают появление более сильных врагов или даже дают боссам дополнительные атаки.