Главный злодей игры - Берсерко, который задумал уничтожить Землю в качестве мести Черепашкам-ниндзя. Он использует "Гамма-бомбы", которые необходимо деактивировать в конце каждого уровня, а в конце игры появляется в своем автомобиле Аннигилятор в качестве финального босса.

Кроме Берсерко, в игре есть ниндзя клана Фут, Бибоп и Рокстеди.