Кибер Шредер вернулся, на этот раз из далекого будущего. Он отправил в прошлое Золотых Кибер Фут Ниндзя, чтобы протестировать устройство для путешествий во времени. Черепахи отправляются в приключение, чтобы не дать Кибер Шредеру добраться до настоящего. По пути они побеждают многих Пурпурных драконов,Фут Ниндзя и некоторых известных злодеев вселенной.