Вскоре после того, как группа роботов-маузеров разрушила старый дом Черепах, они напали на их новый дом. В конце концов, Черепахи отследили роботов до фабрики Бакстера Стокмана, где они спасают юную Эйприл О'Нил. Вскоре после ссоры с Микеланджело, Рафаэль поднимается на поверхность, сталкивается с головорезами Пурпурными Драконами и встречает Кейси Джонса, который также ненавидит эту банду. После этого Стокман разрабатывает для Клана Фуи роботизированных ниндзя, чтобы захватить Рафаэля, вынуждая черепах спасти его. После этого им противостоят генетически мутировавшие существа.

После того, как все четыре уровня пройдены, Черепахи наносят удар по штаб-квартире Фут, где сражаются с Ханом, прежде чем отправиться за лидером Фут, Шредером.