Игра разделена на четыре части: Space Invaders, посвященная открывающим аркам третьего сезона Space Invaders и Worlds Collide; Bishop's Gambit, основанный как на одноименном эпизоде третьего сезона, так и с антагонистами из двух других эпизодов; Exodus, детализирующий события New Blood и Exodus, состоящий из двух частей; и, наконец, Nightmare, основанный на пяти эпизодах, в которых Драко разделил Черепах и Сплинтер по разным измерениях.

После прохождения 1 эпизода игрок откроет слегка измененную версию аркадной игры Teenage Mutant Ninja Turtles: Turtles in Time, которая является игрой 1991 года, также разработанной Konami. Это также последняя игра в серии, которая будет производиться и распространяться Konami.