Игра основана на мультсериале 2003 года и рассказывает историю четырех зеленокожих братьев-мутантов: Леонардо, Рафаэля, Микеланджело и Донателло. Они живут в канализации и выползают наружу, когда больше некому сражаться за правду, справедливость и еще одного ломтика пиццы. Им предстоит сразиться против гнусного изобретателя Бакстера Стокмана, а также против Шреддера и его клана Фут.