Игра основана на конце второго сезона анимационного сериала TMNT 2003 года. В игре также есть 4 турнира, состоящие из волн атак противника.

Кинематографические ролики адаптированы из различных эпизодов мультсериала, посвященных Феодальной Японии, в которой раскрывается происхождение Ороку Саки.

В отличие от игры TMNT 2003 года, Battle Nexus поддерживает до четырех игроков. Каждый игрок может выбрать «команду», состоящую из черепахи и открываемого персонажа, который может заменить черепаху. В игре присутствуют четыре команды, если в игре участвует менее четырех игроков, один игрок может выбрать больше команд и циклически перебирать их в игре. У каждой команды есть свои особые способности, которые могут помочь игрокам продвинуться в игре.

В отличие от предыдущей игры у игроков одна полоса здоровья, поэтому, если один игрок получает травму, здоровье уменьшается для всех. У персонажей есть «слабые» и «сильные» атаки, и они делают разные движения с разными комбинациями. Чтобы пройти уровень, вы должны либо добраться до назначенной точки уровня, убить всех врагов, убить босса, выжить, пока не истечет время, либо выполнить конкретную цель, пока не истечет время.