Головорезы Шреддера, Бибоп и Рокстеди, захватили Эйприл О'Нил, и теперь Черепашкам-Ниндзя предстоит освободить ее! Играй за одну из четырех черепах, освободи Эйприл, а затем освободи учителя Сплинтера из лап Шреддера.

Геймплей происходит в двух перспективах: вид сверху, который позволяет бегать и исследовать здания, канализации и другие места. При посещении какого-либо сооружения игра переходит в классический скроллер с видом сбоку, где и происходит основное сражение. Помимо главного оружия, черепахи могут использовать дополнительное, например, сюрикены.