Основная часть игры начинается в штаб-квартире MIB. Здесь игрокам рассказывают о следующей миссии в комнате инструктажа, есть возможность поменять свое оружие и попрактиковаться в тире. Доступно несколько видов оружия - от реалистичного огнестрельного до футуристических пушек, показанных в фильме, включая маленький, но мощный Noisy Cricket. Перед выполнением задания игроки могут выбрать J, K или L. У трех игроков разные стили ведения боя, и их диалоги также различаются. Игра включает в себя три основные миссии в Арктике, на Амазонке и на удаленном острове. Стилизованные ролики в стиле комиксов повествуют историю между уровнями.