Justice League: Chronicles является продолжением игры Injustice for All и, как и ее предшественница, основана на мультсериале Cartoon network - Justice League.

Когда Марсианский Охотник обнаруживает мощное психическое присутствие в Арктике, остальным шести членам Лиги Справедливости предстоит провести расследование. На каждом уровне вы будете управлять парой супергероев. В одиночной игре вы будете переключаться между ними с помощью кнопки выбора, а неактивным персонажем будет управлять искусственный интеллект. Есть также кооперативный режим, в котором подключается второй игрок, и каждый из вас управляет своим персонажем.

Есть три набора уровней: Зеленый Фонарь и Флэш, Супермен и Чудо-женщина и, наконец, Бэтмен и Хокгерл. Уровни представлены в режиме псевдо-3D, персонажи могут перемещаться по осям x и z. На уровнях вы можете двигаться вверх, влево, вправо или вниз, чтобы достичь цели, или застрять на одном месте, когда враги настигают вас.

Боевая система включает в себя стандартные кнопки прыжка и атаки, а также специальные атаки, уникальные для каждого персонажа. Эти атаки контролируются специальным счетчиком, расположенным ниже счетчика здоровья. Использование специальной атаки персонажа полностью истощает этот счетчик, и ее нельзя использовать снова, пока счетчик не заполнится, что занимает несколько секунд.

В дополнение к основному сюжетному режиму существует тренировочный режим "Сторожевая башня", который позволяет использовать любую пару персонажей на любом уровне. Однако вы не можете использовать двух одинаковых персонажей.