Действие игры происходит в Праге 1960-х годов, во время ранней работы Хеллбоя в BPRD (Бюро по исследованию и защите от паранормальных явлений). Хеллбой и Сара расследуют дело своего пропавшего агента Питера, который потерял связь со своей командой где-то в Чехословакии. Хеллбою предстоит раскрыть события, связанные с этим исчезновением, и все исправить.