Версия для Genesis тесно следует сюжету фильма 1989 года.

Игра состоит из семи уровней, четырех классических платформера и два уровня с элементами стрелялки. В порядке следования: Улица Готам-Сити, Химическая Фабрика, Музей, Улица Готам-Сити (на Бэтмобили, а затем без него), В небе над городом (на Бэтсамолете) и Собор, где в итоге Бэтмэн столкнется с Джокером.

На протяжении игры, будут встречаться различные бонусы: Бэтэмблемы (дают игроку Бэторанги или Ракеты, зависит от уровня), Сердца (восстанавливают здоровье) и головы Бэтмэна (дают дополнительную жизнь).