В Готэм-сити назревает беда: Джокер вынашивает очередной гнусный план по уничтожению Бэтмена. Он начинается со взлома Готэмского музея и заканчивается падением Джокера с Готэмского моста, очевидно, насмерть (как показано в первых уровнях игры). Теперь другие суперзлодеи Готэма, включая Мистера Фриза и Ядовитого Плюща, не успокаиваются и хотят заполнить пустоту, оставленную Джокером. К счастью, Бэтмен не одинок в своих попытках остановить их, ведь ему помогают его верные спутники Робин и Бэтгерл.